Lịch sử Hội đồng nhân dân thành phố gắn liền với quá trình hình thành và phát triển hành chính thành phố Sài Gòn - Chợ Lớn và Sài Gòn và Gia Định từ thời Pháp thuộc đến nay.

Thời Pháp thuộc

Sau khi xâm chiếm thành Gia Định và ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ từ tay nhà Nguyễn, người Pháp gấp rút quy hoạch lại Sài Gòn thành một đô thị lớn phục vụ mục đích khai thác thuộc địa. Đồng thời, chính quyền Pháp từng bước xây dựng hệ thống hành chính mới nhằm thay thế hệ thống quan, phủ, huyện của người Việt bằng một hệ thống mới phù hợp với việc cai trị của mình.

Ngày 11 tháng 4 năm 1861, thống đốc Nam Kỳ Leonard Charner ban hành nghị định quy định giới hạn thành phố Sài Gòn.[3] Lúc này, Sài Gòn nằm trong địa bàn tỉnh Gia Định. Trong thời gian đầu, Thống đốc Nam Kỳ thông qua Nha Nội chánh quản lý trực tiếp thành phố này.[4] Ngày 4 tháng 4 năm 1867, Phó Đô đốc La Grandière ban hành Nghị định số 53 "Tổ chức một Uỷ ban thành phố Sài Gòn", thành lập Uỷ hội Thành phố (Commission municipal), đứng đầu là Uỷ viên thành phố (Commissaire municipal) và 12 hội viên để quản lý thành phố.[5] Đến ngày 8 tháng 7 năm 1869 Thống đốc Nam Kỳ ký nghị định mới số 131 thay thế: Chức vụ Ủy viên thành phố được đổi thành Thị trưởng (Maire - một số tài liệu gọi là "Đốc lý"), đồng thời Ủy hội thành phố đổi thành Hội đồng thành phố (Conseil municipal) gồm 13 thành viên, có nhiều quyền hạn hơn. Charles Marie Louis Turc được cử làm uỷ viên thành phố và cũng là Thị trưởng đầu tiên của Sài Gòn, giai đoạn 1867-1871. Sau khi thành lập Liên bang Đông Dương vào ngày 17 tháng 10 năm 1887, chức vụ Thị trưởng thành phố Sài Gòn do Hội đồng thành phố bầu chọn, Thống đốc Nam Kỳ đề nghị Toàn quyền Đông Dương quyết định chuẩn y.

Thành phố Chợ Lớn được thành lập ngày 6 tháng 6 năm 1865 theo Nghị định của Thống đốc Nam Kỳ. Quản lý thành phố trong thập niên 1870 có một cơ quan hành chính lâm thời gọi là Ban Đại diện thành phố (Délégation municipale), đứng đầu là vị Chủ tịch (Président)[6]. Ngày 20/10/1879. Thống đốc Nam Kỳ ban hành nghị định công nhận thành phố Chợ Lớn là đô thị loại II.[7] Sau khi thành lập Liên bang Đông Dương vào ngày 17/10/1887, chức vụ Thị trưởng thành phố Chợ Lớn do Ủy hội thành phố (Commission municipale) bầu chọn, Thống đốc Nam Kỳ đề nghị và Toàn quyền Đông Dương quyết định chuẩn y.

Ngày 27 tháng 4 năm 1931, tổng thống Pháp ký sắc lệnh hợp nhất hai thành phố Sài Gòn và Chợ Lớn thành một đơn vị hành chính mới gọi là Khu Sài Gòn - Chợ Lớn (Région Saigon - Cholon). Tiếp theo ngày 14 tháng 12 năm 1931 Toàn quyền Đông Dương ký nghị định quy định tổ chức bộ máy, hoạt động của khu. Quản lý khu có Hội đồng Hành chánh (Conseil d'Administration), đứng dầu là Khu trưởng (Administrateur de la région) do Toàn quyền Đông Dương bổ nhiệm[8]. Tuy nhiên chức vụ Thị trưởng của hai thành phố: Sài Gòn và Chợ Lớn còn duy trì, cho đến năm 1934 mới bãi bỏ.

Ngày 26 tháng 9 năm 1947 chức danh người đứng đầu chính quyền Khu Sài Gòn - Chợ Lớn đổi tên thành Đô trưởng.[9]

Thời Quốc gia Việt Nam và Việt Nam Cộng hoà

Năm 1951, chính phủ Quốc gia Việt Nam của cựu hoàng Bảo Đại ra sắc lệnh cải danh Khu Sài Gòn - Chợ Lớn thành Đô Thành Sài Gòn - Chợ Lớn. Đến năm 1956, Tổng thống Việt Nam Cộng Hoà ban hành sắc lệnh đổi thành Đô Thành Sài Gòn. Đứng đầu Đô thành là Đô trưởng. Ngoài ra còn có Hội đồng Đô thành (đứng đầu là vị Chủ tịch), gồm 35 nghị viên do dân bầu.[9] Hội đồng này có thẩm quyền quyết định về ngân sách, các vấn đề dân sinh trên địa bàn và giám sát việc quản lý của Đô trưởng. Tỉnh Gia Định được quản lý bởi Tỉnh trưởng và Hội đồng Tỉnh. Đứng đầu hội đồng tỉnh là Chủ tịch và 30 nghị viên do dân bầu.

Thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam (1975-1976)

Sau Sự kiện 30 tháng 4, chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam tiếp quản Đô thành Sài Gòn và các vùng lân cận. Ngày 3 tháng 5 năm 1975, thành phố Sài Gòn - Gia Định được thành lập trên cơ sở sáp nhập Đô Thành Sài Gòn và tỉnh Gia Định của chế độ cũ. Trong thời kỳ này, thành phố được quản lý trực tiếp bởi Uỷ ban Quân quản thành phố Sài Gòn - Gia Định. Tháng 1 năm 1976 là Uỷ ban Nhân dân Cách mạng thành phố Hồ Chí Minh thay thế Uỷ ban quân quản đi vào hoạt động. Tháng 4 năm 1976, cuộc bầu cử Quốc hội thống nhất được tổ chức đầu tiên, và bầu cử Hội đồng Nhân dân các cấp. Sau cuộc bầu cử, Hội đồng Nhân dân chính thức được hình thành, đặt tên là Hội đồng nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.

Từ năm 1976 đến nay

Luật Tổ chức Hội đồng nhân dân 1983 chưa quy định vị trí lãnh đạo thường trực của Hội đồng nhân dân các cấp, mà tại mỗi kỳ họp, Hội đồng bầu ra Đoàn chủ tịch và đoàn thư ký kỳ họp. Người ký tên nghị quyết hay văn bản của Hội đồng nhân dân thành phố lúc bấy giờ là Chủ toạ kỳ họp thay mặt Đoàn chủ tịch. Năm 1989, Quốc hội ban hành Luật Tổ chức Hội đồng nhân dân và Uỷ ban Nhân dân mới, lần đầu tiên quy định nhiệm vụ và quyền hạn của Thường trực Hội đồng nhân dân, chức danh Chủ tịch Hội đồng nhân dân các Phó chủ tịch.[10] Chủ tịch Hội đồng nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đầu tiên là ông Lê Khắc Bình, được bầu tại kỳ họp thứ nhất Hội đồng nhân dân Thành phố khoá IV.